С.Л. Агафонов преподавал в Горьковском инженерно-строительном институте (в настоящее время - ННГАСУ) с 1966 года. Студенты любили и глубоко уважали Святослава Леонидовича, своим примером он показывал не только высочайший профессионализм, но и такие качества, как доброту, интеллигентность, скромность. На пенсию С.Л. Агафонов ушел в 88 лет.